以运费收入不含税20万依据，依0.5‰计算印花税。《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括： 1.货票(发站发送货物时使用)。 2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。 3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。
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合同需要缴纳印花税，有合同就交没有合同就不交，例如同样性质同样金额的两笔业务，一笔业务签了合同，另外一笔没签合同，则前一笔交印花税后一笔不交印花税。其中货物运输合同是按运费发票(铁路、公路、水路运输发票，不包括出租车发票)金额来计算，即使没有合同，有运费发票(包括国际货运发票)也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。但是运费发票中记载的装卸费保险费等可以在计算印花税时扣除，例如一张运费发票中注明运费 500，装卸费 100，保险费 50，则按500计算印花税。
运输合同的印花税是按运输费用千分之零点五贴花，纳税人是立合同人，也就是合同的双方当事人都需要缴纳印花税。例如公司采购货物支付运费一万元，承运人开来一万元运费发票结账，在开票时已向税务局交了五元印花税。双方都需要交这笔运费的印花税，印花税金额为五元。
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