《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括： 1.货票(发站发送货物时使用)。 2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。 3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。;上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。
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按含税的金额缴纳。运输业按运输费的万分之五缴纳印花税。根据规定，需征收印花的项目实行列举法，不在列举清单范围内的事项不征收印花税。印花税是一种行为税，这种行为不是单方面的，凡发生书立、使用、领受具有法律效力的凭证的单位和个人征收的一种税。你所说的运输合同要交纳印花税，因为委托方和受托方是合同共同当事方，因此都要交纳印花税。
一、国际货运运费结算凭证的印花税，应由实际收取和支付运费的承、托运双方分别就运费结算凭证，按货物运输合同税目贴花，其中，承运人以货物运输专用发票的记账联作为应税凭证；托运人以国际货物运输代理业专用发票的发票联作为应税凭证。国际货运代理企业接受托运人的委托代办国际货运业务，其结算的运费属于代垫性质，收取和支付运费的结算凭证，不征收印花税。 二、根据印花税暂行条例关于应纳税凭证应当于书立或者领受时贴花的规定，外地托运人委托我市货运代理企业办理国际货运业务，应在我市缴纳印花税。 三、为便于托运人按运费贴花，国际货运代理企业在开具运费结算凭证结算收入时，必须在“收费内容”栏中分别列明运费、货运代理费及其他服务收费项目。
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