《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括： 1.货票(发站发送货物时使用)。 2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。 3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。;上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。
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按含税的金额缴纳。运输业按运输费的万分之五缴纳印花税。根据规定，需征收印花的项目实行列举法，不在列举清单范围内的事项不征收印花税。印花税是一种行为税，这种行为不是单方面的，凡发生书立、使用、领受具有法律效力的凭证的单位和个人征收的一种税。你所说的运输合同要交纳印花税，因为委托方和受托方是合同共同当事方，因此都要交纳印花税。
订立运输代理合同不需要缴纳印花税。印花税应纳税凭证包括购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁技术合同或者具有合同性质的凭证，运输代理合同不属于应纳税凭证，不缴纳印花税。
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