按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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公司能因员工的过错扣员工的工资，但是不能克扣工资。并且有下列情况之一的，公司可以代扣：法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他费用。
公司是可以扣员工的工资的。但是不可以随意扣除。扣除的前提是员工违反了一定的规章制度。公司克扣员工工资，属于违法行为，员工可以申请劳动仲裁。如果公司把员工的工资全扣了，是违反了法律法规的，每月扣减的工资不可以超过员工的工资的百分之二十。
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