综合计算工时制，超过标准工作时间的部分按1.5倍计算加班费。法定节假日加班的按3倍支付加班费。劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第六条的规定，对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应根据《劳动法》第一章、第四章有关规定，在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
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综合工时制的加班费算法：工作日的加班费按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付；休息日按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付；法定节假日则支付不低于工资300%的报酬。
综合计算工时制以被批准的计算周期(周、月、季、年)来计算工作时间。譬如被批准的计算周期是季度，则在一个季度中，总工作时间为20.83天×3月×8小时=499.9小时，而没有每天8小时和每周40小时的限制。
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