医疗期之内的应当发放病假工资，缴纳保险。超过医疗期仍不能上班的，公司可以单方解除合同。协商不成，可以申请劳动仲裁。《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》 第三条企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期： (一)实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。 (二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。 第五条企业职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
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《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》对于6个月以内的病假待遇和6个月以上的长病假待遇分别作了规定，但并未将其明确限定为“医疗期内”，因此，对于医疗期满后是否应当按照病假标准支付工资，实务中存在争议。一种观点认为，医疗期满后只要没有解除劳动关系的，应给予相应的病假待遇。而另一种观点认为，对于医疗期满后是否必须支付没有明确规定，因此存在协商确定的余地，即如果企业和员工对按照事假处理达成一致，员工没有异议的，应当予以支持。从近几年的司法实务来看，只要用人单位与劳动者之间的约定不违反法律法规的强制性规定，通常还是认为有效的。
员工在工伤医疗期内工资由用人单位以原工资福利待遇进行发放。职工属于在停工留薪期间内，用人单位应按月支付待遇，但职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照有关规定享受伤残待遇。
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