刑事案件中扣押证据如何进行，扣押物证、书证，直接关系到公民的财产及通信自由等权利，因此必须严格依照法定程序进行。 1、扣押物证、书证通常是在勘验、搜查时进行的。根据刑事诉讼法第114条的规定，在勘验、搜查中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种物品和文件，应当扣押;与案件无关的物品、文件，不得扣押。 2、对于扣押的物品和文件，应当会同在场见证人和被扣押物品持有人查点清楚，当场开列清单一式两份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。 3、对于扣押的物品、文件，要妥善保管或者封存，不得使用或者损毁。 4、侦查人员认为需要扣押犯罪嫌疑人的邮件、电报的时候，经公安机关或者人民检察院批准，即可通知邮电机关将有关的邮件、电报检交扣押。不需要继续扣押的时候，应立即通知邮电机关。 5、公安机关、人民检察院根据侦查犯罪的需要，可以依照规定查询、冻结犯罪嫌疑人的存款、汇款。犯罪嫌疑人的存款、汇款已被冻结的，不得重复冻结。 6、对于扣押的物品、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款，经查明确实与案件无关的，应当在3日以内解除扣押、冻结，退还原主或者原邮电机关。
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对于刑事案件证据的扣押期限，法律并无明文规定，但可以确定的是，与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。《刑事诉讼法》第一百四十一条第二款规定，对查封、扣押的财物、文件，要妥善保管或者封存，不得使用、调换或者损毁。第一百四十五条规定，对查封、扣押的财物、文件、邮件、电报或者冻结的存款、汇款、债券、股票、基金份额等财产，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押、冻结，予以退还。
对于扣押的财物，经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除查封、扣押、冻结，予以退还。人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。法院作出的判决生效后，有关机关会根据判决对冻结的财物及其孳息进行处理。
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