很多企业集团基于产业整合、上市、地域布局调整等商业目的,需要在集团内部进行重组交易;某些企业集团在重组规划中完全忽略59号文件及698号文件所构成的新税收法规体系，依旧照搬《关于外商投资企业和外国企业转让股权所得税处理问题的通知》(国税函[1997]207号，已全文失效)固定思维，认为只要不产生股权转让收益或损失，集团内重组行为就不发生纳税义务。结果，股权重组相关方完成工商登记后，在办理税务登记时被税务机关发现而要求补缴税款;此种情况下，即使企业同意缴税，往往还会与税务机关在股权转让价格确认上发生争执，企业认为应是资产负债表反映的净资产，而税务机关倾向于通过股权评估的办法来确定(特别是采用收益法)，这就往往大幅提高视同股权转让价格，负面影响企业现金流。 除补缴税款后果外，对于完全发生在国内的股权重组行为和非居民企业直接转让境内企业股权的，如未及时缴纳企业所得税，税务机关可加收滞纳金;对于非居民企业间接转让境内企业股权的，由于转让行为是否属避税行为需层报总局审核确定，因此在主管税务机关缴纳税款通知书下达前，通常不会被加收滞纳金。
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