用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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大额指的是大额医疗保险，大额医疗保险是指为解决参保人员因大病、重病产生的超过基本医疗保险统筹基金最高支付限额的医疗费用，在基本医疗保险的基础上，医疗保险市级统筹建立了大额医疗保险制度。大额医疗保险是在参加基本医疗保险的基础上，由用人单位按本单位职工和退休人员缴费基数的1%，职工和退休人员个人每人每月按2元钱缴纳大额医疗保险费。大额医疗保险是为了保障员工在医疗超过最高保险补偿时的一种补救，维护了员工的利益，不过这种工资扣大额的情况是在员工进行了参保的情况下进行的。
因为个税是由单位在网上申报时，代个人预缴。到发工资时，在工资里扣除之前单位为个人缴纳的部分。所以一般个税都是单位代个人先代扣代缴。在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按规定办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
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