首先，劳动合同发生纠纷，必须先要经过仲裁程序，未经过仲裁程序的劳动争议案件，人民法院将不予受理。从流程上讲，劳动纠纷处理的流程分主要分为协商、仲裁、立案三个程序，具体的情况如下： 1、遇到劳动纠纷问题，第一步要做的就是与所属单位尽量达成和解，若达不成和解，劳动者应寻求单位工会的帮助。 2、如果双方调解不成功，第二步就需要进入劳动仲裁过程。此时，劳动者应准备好具有客观性、相关性、合法性的各类证据，比如劳动合同书、聘任书、协议书、单据、传单、信函等，还有物证及视听资料，之后，带着证据到单位注册地所属的区县劳动和社会保障局，申请劳动争议仲裁。 3、除拖欠工资外，所有劳动纠纷都应先接受仲裁，如不服仲裁，才可以进入法院的立案过程。
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处理劳动合同纠纷的方式：劳动者可以与用人单位协商，达成和解协议；可以向调解组织申请调解；不愿调解的，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，则可以依法去提起诉讼。
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