合作医疗报销的范围主要有门诊补偿、住院补偿、大病补偿。以药物报销为例，甲类药物基本可以报销，部分乙类药物可报销，丙类药物不能报销;以住院报销为例，住院床位费或门(急)诊留观床位费也是可以报销的。不过需要注意的是，以下内容不在新农合的报销范围内： 1.自购药品费; 2.超出《省新型农村合作医疗基本药物目录》的药品费用; 3.挂号费、门诊病历工本费、出诊费、中药煎药费、救护车费、陪客床位费、包床费、特护费、会诊费、空调(含取暖)费、电视费、电话费、个人生活料理费、护工费等; 4.非基本医疗(指特需门诊、专家门诊、床位费超过35元/日、医学美容、家庭病床等)的费用; 5.打架斗殴、酗酒、吸毒、戒毒、性病、工伤及从事劳务过程中所受伤害、交通事故、故意自伤自残、非生产性农药中毒、职业中毒、医疗事故、违法违纪和他人原因引发的医药费用; 6.流引产; 7.各种整容、矫形、减肥、纠正生理缺陷和各种保健、预防性诊疗项目及药品费用; 8.进行器官、组织移植、安装人工器官所需购买器官或组织的费用; 9.未经物价和卫生部门批准的医疗服务、检查、治疗项目，以及擅自抬高收费标准所发生的一切费用; 10.有挂名不住院或冒名顶替住院等欺诈的医药费用; 11.已获得城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险补偿以及其他基本医疗保险补偿的; 12.境外发生的医药费用; 13.新型农村合作医疗其他规定的。
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新农合报销比例对参合住院患者一次性政策范围内住院医疗花费超出5万元的参合患者，新农合实行分段赔偿，在新农合报销范围内，新农合报销比例5万元以内(含5万元)部分按相应级别医疗组织限定比例赔偿，5万～8万元(含8万元)部分按80%的比例予以赔偿，8万元以上部分按90%的比例予以赔偿。此外，对转诊至省外医疗组织住院治疗、事实上赔偿比例过低的参合患者,继续坚决保底赔偿政策,住院医疗总花费去除起付线后按不低于30%的新农合报销比例予以保底赔偿。
新农合报销流程：1、由门诊医生或住院部医生诊断，开具住院证；2、持农合证到住院收费窗口缴费；3、持住院证，缴款单到住院登记窗口登记；4、进行住院检查、治疗；5、开具出院证、诊断证、住院者身份核对单；6、持个人缴款单到出院结算窗口办出院手续；7、持出院结算票据；8、领取补助款。
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