关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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新农合报销比例对参合住院患者一次性政策范围内住院医疗花费超出5万元的参合患者，新农合实行分段赔偿，在新农合报销范围内，新农合报销比例5万元以内(含5万元)部分按相应级别医疗组织限定比例赔偿，5万～8万元(含8万元)部分按80%的比例予以赔偿，8万元以上部分按90%的比例予以赔偿。此外，对转诊至省外医疗组织住院治疗、事实上赔偿比例过低的参合患者,继续坚决保底赔偿政策,住院医疗总花费去除起付线后按不低于30%的新农合报销比例予以保底赔偿。
新农合报销流程：1、由门诊医生或住院部医生诊断，开具住院证；2、持农合证到住院收费窗口缴费；3、持住院证，缴款单到住院登记窗口登记；4、进行住院检查、治疗；5、开具出院证、诊断证、住院者身份核对单；6、持个人缴款单到出院结算窗口办出院手续；7、持出院结算票据；8、领取补助款。
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