劳动者和用人单位建立劳动关系，劳动者旷工一天扣三天工资是不合法的，除非员工旷工给用人单位造成了经济损失，否则是不能扣款的，用人单位不需要支付当天的工资。《工资支付暂行条例》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
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旷工一天扣三天工资不合法。我国实行按劳分配原则，用人单位不得非法剥夺劳动者的工资。应当按照多劳多得，少劳少得，适量扣除旷工的劳动者的工资，尊重劳动者的合法权益。旷工一天应当合理扣除旷工该天的工资，而不应该扣除其他劳动时间所获的工资。
旷工，职工在正常工作日不请假或请假未批准的缺勤行为。旷工一天扣三天工资不合法。旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。第一次旷工，通过口头或书面警告，让本人认识错误并责令反省;第二次旷工，通报批评给予员工警示，由主管领导进行谈话，记大过处分;第三次旷工，开除或劝退。一般情况下，有如下情况的视为旷工：第一，没有按照用人单位规定提供劳动;第二，没有正当理由旷工;第三，没有经过用人单位同意。
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