如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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员工自离，单位不结算工资是不合法的。用人单位应当在与员工解约或者终止劳动合同时一次性付清员工的工资，但是给员工违法解约而给单位造成损失的，单位可依法从其工资中扣除一部分作为赔偿，但是该部分扣除的数额要合法合理。
劳动者没有提前30天提交离职信，用人单位也不存在《劳动合同法》38条规定的劳动者可以直接通知后就离职的情况，那么，劳动者直接离职，就属于违反《劳动合同法》的情形。但是，劳动者离职后，用人单位不能直接不发工资，仍应该按照劳动合同约定支付应付工资。
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