劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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根据《劳动合同法》第四十条 (一)项规定，劳动者生病期间，医疗期满不能从事原工作，也不能从事用人单位另行安排的工作的，用人单位提前30天书面通知或者额外支付一个月工资可以解除合同。因此解除合同，按《劳动合同法》第四十六条 (三)项和第四十七条规定，用人单位还应按劳动者本单位工作年限每年支付一个月工资经济补偿金。 患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。
经医疗机构鉴定属于职业病，就向人社局申请工伤认定，属于工伤，且伤残等级达到一至十级的，企业不得与劳动者解除劳动合同。如果是劳动者提出解除劳动合同的，视具体情况区别对待：1.对于一至四级工伤的，属于完全丧失劳动能力，企业需要与员工保留劳动关系，不能与员工解除劳动关系。2.对于五至六级工伤的，属于大部分丧失劳动能力，企业不得提出与员工解除劳动关系，但是员工本人提出解除劳动合同的，企业可以与员工解除劳动关系，由企业支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金。3.对于七至十级工伤，属于丧失部分劳动能力，企业不得提出与员工解除劳动关系，但是员工本人提出解除劳动合同的，企业可以与员工解除劳动合同，由企业支付一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金。如果劳动合同期满终止的，可以依据相关规定终止劳动关系，由企业支付相应年限的经济补偿金和相关待遇。
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