如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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员工自离不结算工资是不合法的。员工与用人单位解除劳动合同的，用人单位应当一次性将剩余的工资全部结清，员工未按照法律的规定离职的，用人单位可以要求员工赔偿其损失，损失的数额可以从未结清的工资中进行扣除，扣除之后，再向员工结清剩余的工资；未依法结清的，属于违法行为，员工可以采取合法手段进行维权，让用人单位一次性结清工资。
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