1.正确运用工时制度 根据法律规定，加班与工时制度有直接的关系。至于用人单位与劳动者签订的是什么类型的劳动合同、实行月薪制还是年薪制，都与加班无关。加班只与工时有关，在我国工时有三类，即标准工时、综合计算工时、不定时工时。有关加班与工时的关系，我们已在前面详细分析过，这里就不再赘述。三类工时制度有各自适用的对象，用人单位要有效控制加班费，首先必须正确运用工时制度，对特殊的工作岗位需要按照法律规定申请特殊的工时。 2.建立加班的申报、审批制度 加班是用人单位与劳动者双方合意的行为，要么是公司安排、员工同意，要么是员工申请、加班公司批准。因此，用人单位要控制加班费，应该制订一套规范的加班管理制度。首先，单位应当设置规范的加班申请单，包含申请理由、加班截止时间等具体内容，由员工提出加班申请;其次，要经过部门经理签字，得到部门经理的确认(部门经理加班由总经理确认);最后，到人事部门(或财务部门)备案。建立上述制度的重要意义还体现在加班费争议的处理中。 加班费的计算涉及加班工资计算基数，如果加班费的计算基数降低了，加班费也会随之降低。按照目前的大部分地区的司法实践，在计算加班工资时一般都按照当月的工资总额作为计算加班费的基数。因此，即使工资结构中分为基本工资、奖金、津贴、补贴等多个项目的，也无济于事。 4.合理选择调休 按照法律规定，用人单位在休息日安排劳动者加班的，可以选择调休也可以选择支付加班工资。从控制加班费的角度来讲，有条件的用人单位应优先选择调休，尤其是管理人员加班更应选择调休来代替加班费支出。 5.制作完备的工资支付凭证 对于存在加班现象的用人单位来说，工资支付凭证的制作是比较重要的。完备的工资支付凭证应反映当月的加班工资，否则，用人单位安排劳动者加班又未在工资支付凭证中反映加班工资的话，事后劳动者主张加班费的，用人单位将处于被动地位。 6.妥善保管考勤记录和工资支付凭证 用人单位与劳动者因加班费发生纠纷的，考勤记录和工资支付凭证，是两项十分重要的证据。
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需要注意两个问题：一是申请时效，应从知道或者应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，否则将会丧失申请仲裁的权利。二是申请形式上要采取书面形式，按规定式样提交申请书，并且要按照被申请人人数，提交副本。
申请仲裁应当在规定的期限内，以书面形式申请，同时须注意三个方面的问题。 一是申请时效问题。应从知道或者应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，否则将会丧失申请仲裁的权利。农民工在遇到劳动争议时，应当特别注意时效的把握。 二是申请形式上要采取书面形式，按规定式样提交申请书，并且要按照被申请人人数，提交副本。 三是要向有管辖权的仲裁委员会申请仲裁，不能自已选择仲裁委员会。
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