法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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最高院规定法院对于民事诉讼实行登记制度，即使是小产权房也需要登记立案。虽然有的小产权房出售人认可购房人转让房屋并办理所谓的转让“登记”，但是这种“登记”是没有法律效力的，一旦发生纠纷不能产生保护购房人的效力。当卖房人反悔并起诉到法院的，出售人只需返还房产，而购房人则需要返还房产，这就吃了大亏。所以，从购房者的角度来说，购买小产权房虽然价格便宜，但是产权状况存在很多问题，要承担巨大的风险。
常见的房产纠纷有：房屋产权瑕疵纠纷；卖方无权处分引发的纠纷；买方无购房资格纠纷；无法办理按揭房贷纠纷；房屋质量纠纷；房屋无法交付引发的纠纷；定金纠纷；阴阳合同纠纷。法院会根据纠纷的不同类型，以及双方提供的证据等依法作出判决。
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