法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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符合起诉条件的话法院就会受理。但如果是关于小产权房交易产生纠纷，要求承认购买合同效力的，因为小产权房交易是不合法的，不合法的交易法院是不会受理的。
人民法院处理房产纠纷可以通过和解、调解、仲裁、诉讼四种方式加以解决。首先应按平等互利的原则私下进行和解，和解不成可请第三方加以协商解决。协商不成时，根据合同规定或者当事人之间的协议，由指定机构进行仲裁。如仍未解决，可向人民法院提起诉讼，依法保护自己的合法权益。
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