根据《工资支付暂时规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的２０％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”可见公司是有权扣除工资的，但公司扣除劳动者工资的条件和方式有相应的规定（1）在实现条件上，a、损害是因劳动者本人原因，即劳动者本人应该有过失；b、劳动合同对此种情况应当有约定，如果劳动合同中对此没有约定，则用人单位无权要求追偿。用人单位如果想实现追偿权，以上两个条件缺一不可。（2）在实现方法上，a、从劳动者本人的工资中扣除，是未来的工资，而不是过去的工资。b、扣除的比例不得超过20%，且扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，用人单位特定条件下是可以扣除工资的，但扣工资有严格的标准和相应的限制。
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用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；法律法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
公司是可以扣员工的工资的，前提是员工违反了一定的规章制度。但是如果公司克扣员工工资，属于违法行为，员工可以申请劳动仲裁。如果公司把员工的工资全扣了，是违反了一定的法律法规的，根据我国法律的相关规定，每月扣减的工资不可以超过员工的工资的百分之二十，否则，需要承担一定的法律后果。
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