1、二手房买卖合同有瑕疵的处理二手房买卖合同有瑕疵的根据不同的瑕疵来决定解决办法，具体是：（1）格式合同中的违约金标准过高。在格式合同中，保证金违约金与违约金条款通常并存，违约金为交易价格的30%。按照这个比例，如果违约金少的话，要承担10万多元的违约金，如果违约金多的话，要上百万，这比申请定金获得的赔偿要高得多。因此，由于守约方主张适用处罚条款，双方存在较大分歧。判定违约方承担巨额违约金，显然是不公平的。违约方将声称违约金过高，需要调整。法院通常会在判决中作出调整，导致守约方以合同是双方的真实意思表示为由提起上诉。对此，建议买卖双方与中介的权利义务应明确约定；降低违约金标准，将违约金定为转让交易价格的5%-10%，不仅可以防止合同当事人当场违约同时也可以防止违约金成为中介与合同一方串通的非法工具；

（2）未能就未能申请预期贷款的责任达成一致，导致未能履行合同。受房贷政策调整影响，买受人未能申请到预期贷款，故以情况变化为由起诉解除合同，要求出卖人返还定金；出卖人认为存在商业风险，要求买受人承担违约责任。房地产经纪公司未根据政策调整及时修改和增加合同条款，导致双方发生纠纷。因国家房贷政策调整导致购房人无法申请预期贷款时，明确约定是否解除合同。（3）合同中没有规定中间人的权利和义务。

一些标准合同没有明确规定中间人的姓名，也没有规定中间人的签名，而是明确规定出卖人应当将定金托付给第三方（中间人）；即使明确了中间人的姓名，对其权利义务也没有约定。一旦买卖双方因中介的行为发生纠纷，就很难追究中介的责任。对此，买卖双方和中介必须签订中介合同，加强对房地产中介的监管，明确对合同主要条款的解释义务，对重要和特殊的协议要特别提示，从而制约和规范房地产中介的行为。

2。如何处理购房合同中的瑕疵，应根据合同条款中的不同瑕疵确定处理方法，具体如下：

瑕疵1：部分条款无意义

乙方向甲方支付定金（货币）（大写）元，（小写）元。以上押金：乙方最后一次付款时，用于抵减房价，甲方同时退还乙方。实践中，购房者支付的定金大多是在支付房屋首付时扣除或冲抵的。本条款中的“最后一次付款”没有实际意义。建议将此条款分为“房屋首付时和房屋余款时”两种情况，使二手房买卖双方选择更加明确；在实际操作中，双方约定甲方返还乙方的具体时间是不合理的，因为大多数买卖双方都选择冲抵房价。缺陷二：户口不能迁出责任，难以认定

甲方应在该房屋的户籍关系中落户。在操作中，一般会选择在产权过户前迁入户口，但合同中没有对户口迁移或迁出作出任何提示性条款，也没有提示出卖人迁出户口关系的违约责任，这往往会引起买卖双方之间的纠纷，而这种纠纷并不是由赔钱的卖方来解决的。缺陷三：具体税种未明确规定

除本条第二款约定外，办理上述手续应缴纳的税款，按国家规定由甲、乙双方分别承担，这一条款是争议最大的，因为税收直接关系到卖方是否将其加到房价中。出售二手房需由出卖人承担营业税和个人所得税，办理房产证需由买受人承担契税。正因为税费种类繁多，本合同只规定了三种选择：甲、乙任一方，或双方各自承担。只有卖方将个人所得税或营业税转移给买方。根据国家规定，甲方的责任和乙方的责任不应在条款中体现。如果要反映，应该是什么样的税。

缺陷四：房屋毁损存在漏洞

房屋毁损、灭失的风险自房屋正式交付之日和权利转让之日起转移给乙方。一般认为，房屋的正式交付应当是房地产交易的结束，包括房款的结算和产权的变更。在实际操作中，出卖人会在收取全部房款、转让产权前将房屋交给买受人（一般是为了5年后交易，以避免缴纳房价5.5%的营业税）。这个时候，如果房子丢了，很容易因为产权没变而引发纠纷。建议增加“先过户后过户”和“先过户后过户”的选项，以保护双方的利益。缺陷5：合同未标明目的本合同一式两份。甲乙双方各执一份，并向房屋权属登记机关报送一份，用于办理房屋权属转移登记。合同的份数其实很重要。在实际签订合同时，往往是“一式五份，甲方一份，乙方三份，产权登记一份”。作为购房人，乙方一次性付款的，可以留存两份，一份留存，一份缴纳契税，其余三份主要用于抵押贷款。许多买家不知道为什么要保留这么多副本。他们应该在条款中解释每一份的用途，以便买家了解消费情况。

二手房转让税费纠纷。

二手房买卖合同双方在交易过程中对税负没有约定或约定，经协商不能达成补充协议的，按照税务部门对各类税种和纳税人的明确规定确定纳税人。