建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

(一)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

一、工程缺陷期与质保期区别

1、缺陷责任期是指承包人按照合同约定承担缺陷修复义务，且发包人预留质量保证金的期限，自工程通过竣工验收之日起计算。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，具体由发承包双方在管理合同中约定。2、质保期即建设工程保修期是指在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限。

二、工程质量保证金期限为多久

建设工程质量保证金(保修金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。工程质量保证金期限为多久，需要区分合同有效和无效的情形。第一种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，且对质量保证金返还期限双方作出约定，依据《施工合同司法解释(二)》第八条(一)，应在约定质量保证金期限届满后返还。第二种情形：双方签订的建设工程施工合同有效，但对质量保证金返还期限双方未作约定的，依据《施工合同司法解释(二)》第八条(二)规定，自建设工程通过竣工验收之日起满二年返还质保金。第三种情形：若双方签订的建设工程施工合同无效，约定的质量保证金返还条款为无效条款，应按双方没有约定处理，故仍应依据《施工合同司法解释(二)》第八条(二)规定，“当事人未约定工程质量保证金返还期限的，自建设工程通过竣工验收之日起满二年”，返还期限为二年。如果因发包人原因致使建设工程未按约定期限进行竣工验收的，自承包人提交工程竣工验收报告九十日开始计算工程质量保证期限。