一、公司要如何行使债务的抵消权

公司可以通过通知、协商、诉讼等方式行使债务的抵销权。如果公司与其他当事人互负债务，该债务的标的物的种类、品质相同，并且可以进行抵销的，公司可以提出将自己的债务与对方的到期债务相抵销。

2、法律依据：《中华人民共和国民法典》

第一百三十五条，民事法律行为可以采用书面形式、口头形式或者其他形式；法律、行政法规规定或者当事人约定采用特定形式的，应当采用特定形式。

第五百六十八条，当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。

当事人主张抵销的，应当通知对方。通知自到达对方时生效。抵销不得附条件或者附期限。

第五百六十九条，当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。

二、不能进行抵消的债务有哪些

不能进行抵消的债务有：

1、性质上不得抵消的债务，如提供劳务的债务以及抚恤金、退休金、抚养费等与人身不可分离的债务；

2、当事人特别约定或法律规定不得抵消的债务。如禁止强制执行的债务、因故意侵权行为所发生的债务等。