在近日的检查中发现，某房地产公司以协议方式取得土地使用权，公司在缴纳契税时，只按支付的地价款作为计税依据，对于缴纳的城市配套费并没有缴纳契税。

《财政部、国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》(财税〔2004〕134号)规定，出让国有土地使用权的，其契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。

成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。根据上述规定，该房地产开发公司在缴纳契税时，除应包括取得土地使用权时所支付的金额，还应包括城市建设配套费。

根据《国家税务总局关于农业税、牧业税、耕地占用税、契税征收管理暂参照〈中华人民共和国税收征收管理法〉执行的通知》(国税发〔2001〕110号)的规定，自2001年5月1日(含本日，下同)起到国务院制定的农业税收征收管理办法实施前，农业税收的征收管理，暂参照税收征管法的有关规定执行。

凡税款滞纳行为发生在2001年4月30日以前的，按照原税收征管法规定，按日加收滞纳税款千分之二的滞纳金;2001年5月1日以后发生的，统一按照税收征管法规定，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。因此，契税的征收管理参照税收征管法的规定，税务机关按规定加收滞纳金并处以罚款是正确的。