1、适用人群不同，根据城市，城镇职工医疗保险的适用人群是城市用人单位的所有职工。包括企业（国有企业、集体企业、外商投资企业、港澳台商投资企业、私营企业等）、机关、事业单位、社会团体、民办非企业等单位的职工。

城镇居民医疗保险的适用人群为，城镇职工基本医疗保险和新型农村合作医疗覆盖范围以外的城镇居民,主要包括未成年居民,指中小学阶段学生（含职业高中、中专、技校学生）、学龄前儿童及其他未满18周岁的未成年居民；老年居民，指男满60周岁、女满55周岁以上的城镇居民；以及其他非从业的城镇成年居民。大学生将来也要纳入城镇居民医疗保险范围。

2、支付方式不同，城镇职工医疗保险是按一定比例按单位缴纳的工资总额计算的，单位统一支付；其中单位承担的职工工资总额占职工的7%，个人承担的工资底薪为2%。今年，由于经济危机对企业的经济造成了一定的影响，从今年四月到十二月，企业单位的贡献率由7%降到6%，以减轻企业的负担。

城镇居民医疗保险是个人通过所在居委会或学校（幼儿园）缴费，同时政府在个人和家庭缴费的基础上给予补助。未成年居民、成年居民、老年居民的基金筹集标准每人每年分别为100元、360元、360元，其中个人缴纳分别为40元、280元、150元；政府补助分别为60元、60元、210元。可以看出，城镇居民医疗保险的筹集标准要比城镇职工医疗保险低很多，约为城镇职工医疗保险基金人均筹资额的1/5。

3、参加城镇职工医疗保险的职工可以享受住院费用报销、门诊统筹费用报销、门诊医疗费用支付的个人账户处理。报销率高于城镇居民。在服务人员住院费用中，扣除费用以外的范围，最低起跑线5000元以上部分，按75%报销；5000元至1000元部分按80%；10000元以上的部分按85%报销，退休人员相应提高10%；统筹病种门诊费用报销,在职职工为80%，退休职工为85%。

参加城镇居民医疗保险的居民可享受住院费用报销和统筹病种门诊费用报销待遇。由于缴费费率较低，因此待遇也相对低一些。参保居民的住院费用报销，在扣除范围外费用以后，最低起付线（同城镇职工医保）以上的部分，按55%报销，每个医疗年度最高可累计报销3万元。统筹病种门诊费用,在起付线（300元）以上的，按50%报销。

4、医疗管理的要求是不同的。参加城市直属职工医疗保险的职工，应当在城市医疗保险定点医院就诊前享受医疗保险待遇。12岁以下（含12年）的城镇居民有医疗保险的，可以直接到市辖区内儿科病房指定的医院就医，不受医院的限制。12周岁以上的居民，首诊需在五区范围内二级以下（含二级）定点医院就医，确因技术水平所限诊治有困难的，可本着逐级转诊的原则，办理市内转诊手续后，再转至高一级别医院进行诊治。