(1)两者的构成要件不同。依据各自的概念，我们可以看出，事实婚姻在我国目前审判实际中的发生、认可是受到特定时间，特定条件等方面限制的。而同居关系的构成相对来讲限制较少。

(2)两者的法律后果不同。一旦被认定为事实婚姻的，具体处理时则视同具有法律效力的结婚，与合法的经登记缔结的婚姻关系同样对待。而如果被认定为属于同居关系，则这种同居关系本身将不受到法律的保护。

(3)适用的程序及相关的规定不同。对属于事实婚姻关系的案件，人民法院受理后，依法要先进行调解，调解和好或者撤诉的，确认该婚姻关系有效，发给调解书或裁定书；经调解不能和好的，根据各案情况的不同，即可以调解离婚或者判决准予离婚。而同居关系则不同。法院只受理有配偶者与他人形成的同居关系，且受理此类纠纷后，不能进行调解，一律予以解除。对于双方均无配偶的男女之间形成的同居关系，一方诉至法院要求离婚或要求关系时，法院则不予受理。此外，当事人起诉到人民法院属于事实婚姻的，当事人即使不去补办结婚登记，人民法院对其婚姻关系的合法性也必须予以认可，依然按照合法、有效的婚姻案件来审理。而如果属于双方均无配偶的同居关系的，当事人要想使自己的生活状态受到法律保护，则必须补办结婚登记。同时，在身份关系，共同生活期间所得财产的认定，所生子女是否为婚生子女，能否以配偶身份享有问题等方面，也会使两者面对不同的处理结果。