女方在哺乳期起诉离婚的程序是：

1、女方向法院递交民事起诉状，在其中注明离婚的诉讼请求及事实和理由。人民法院收到起诉状后，会在7日内立案，并通知当事人，并在立案之日起5日内将起诉状副本发送被告。

2、被告在收到之日起15日内提出答辩状。人民法院在收到答辩状之日起5日内将答辩状副本发送原告。

3、人民法院确定开庭日期后，在开庭3日前通知当事人。

4、定期开庭审理，并进行宣判。

哺乳期女方起诉离婚两个孩子怎么分

哺乳期女方起诉离婚的两个孩子分配根据具体情况而定。对于不满两周岁的孩子，考虑还在幼儿期，需要哺乳，一般由女方直接抚养。而父母双方协议不满两周岁子女由父亲直接抚养，并对子女健康成长无不利影响的，法院是予以支持的。双方也可以协商确定抚养权归属，协商不成的可以到法院起诉。

《民法典》第一千零八十二条

女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。