公司股东分歧的处理方式：一般情况下，由纠纷当事人协商处理。若当事人协商不成的，可以召开股东大会，一般经出席会议的股东所持表决权过半数通过的一方主张有效，但合并、分立、解散等重大事项需要经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。当事人对表决仍不满意的，则可以向法院起诉处理。

一、股东拒不参加股东如何处理

依据我国相关法律的规定，公司股东参加股东大会，对股东会决议有表决权。股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。

股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。

所以，当股东拒绝参加股东大会的，要依据公司章程进行处理，对重要事项进行表决的，可视为放弃权利。

二、股份有限公司股东大会会议规则

股东大会的表决可以采用会议表决方式，但表决时要求：

要有出席会议的多数股东表决同意，即同意的表决权数占出席会议的表决权总数的一半以上；股东表决的基础是股票数量。每股一票，而不是每个股东一票。

股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的半数以上通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。

三、需须经股东大会特别决议的事项

根据《中华人民共和国公司法》第一百零三条规定，须经股东大会特别决议的事项包括修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式，对上述事项做出决议必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。

第一百零四条规定，本法和公司章程规定公司转让、受让重大资产或者对外提供担保等事项必须经股东大会作出决议的，董事会应当及时召集股东大会会议，由股东大会就上述事项进行表决。