一、法院审理涉及有限公司股东重大分歧案件时怎么处理

1、人民法院审理涉及有限责任公司股东重大分歧案件时，应当注重调解。当事人协商一致以下列方式解决分歧，且不违反法律、行政法规的强制性规定的，人民法院应予支持：

(1)公司回购部分股东股份;

(2)其他股东受让部分股东股份;

(3)他人受让部分股东股份;

(4)公司减资;

(5)公司分立;

(6)其他能够解决分歧，恢复公司正常经营，避免公司解散的方式。

2、法律依据：《关于适用若干问题的规定(五)》第五条

二、股东与股东之间的纠纷怎么处理

股东与股东之间的纠纷的处理方式是：

1、协商

合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2、调解

合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、仲裁

合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼

如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。