1、在第二审程序中，原审原告申请撤回起诉，法院按以下情形处理：

（1）经其他当事人同意，且不损害国家利益、社会公共利益、他人合法权益的，人民法院可以准许。

（2）准许撤诉的，应当一并裁定撤销一审裁判。

（3）原审原告在第二审程序中撤回起诉后重复起诉的，人民法院不予受理。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》

第三百三十六条

在第二审程序中，原审原告申请撤回起诉，经其他当事人同意，且不损害国家利益、社会公共利益、他人合法权益的，人民法院可以准许。准许撤诉的，应当一并裁定撤销一审裁判。

原审原告在第二审程序中撤回起诉后重复起诉的，人民法院不予受理。

刑事案件二审如何撤诉

1、在上诉期限内提出撤诉的，法院会准许。

2、在上诉期满后提出撤诉的，法院应当进行审查。然后根据情况依法作出是否准许撤诉的决定。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释

第三百零四条上诉人在上诉期限内要求撤回上诉的，人民法院应当准许。

第三百零五条上诉人在上诉期满后要求撤回上诉的，第二审人民法院应当审查。经审查，认为原判认定事实和适用法律正确，量刑适当的，应当裁定准许撤回上诉；认为原判事实不清、证据不足或者将无罪判为有罪、轻罪重判等的，应当不予准许，继续按照上诉案件审理。

被判处死刑立即执行的被告人提出上诉，在第二审开庭后宣告裁判前申请撤回上诉的，应当不予准许，继续按照上诉案件审理。