医疗保险纠纷的三个主要问题在于：

a：等待期间三个月

首次投保本保险或非连续投保本保险时，被保险人因疾病住院治疗的，等待期为三个月；续保或因意外伤害住院治疗时无等待期。对等待期内或在保单生效之前的住院治疗，保险公司不负给付保险金责任。对保险期间内发生且延续至合同到期日后一个月内的住院治疗，公司负给付保险金责任。

b：是否为指定医院

投保人或被保险人应于被保险人入院之日起三日内通知保险公司。否则，投保人或被保险人应承担由于通知迟延致使保险公司增加的勘查、检验等项费用。但因不可抗力导致的迟延除外。

被保险人应在保险公司指定或认可的医院就诊，若因急诊未在指定或认可的医院就诊的，应在三日内通知保险公司，并根据病情好转情况及时转入指定或认可的医院。若确需在非指定或非认可的医院就诊的，应向保险公司提出书面申请，本公司在接到申请后三日内给予答复，若保险公司同意在非指定或非认可的医院就诊的，对这期间发生的住院医疗费用会按条款规定给付保险金。

c：理赔问题

若已通过其它途径支付了部分医疗费用，在无法提供住院医疗费用原始凭证时，需提供相关证明并须在医疗费用凭证复印件上注明已给付的比例和金额，并加盖支付费用单位的印章，凭此复印件向保险公司申请给付保险金，公司会承担剩余部分医疗费用的保险责任。

一般情况下，保险公司自收到申请人的保险金给付申请书及上述证明和资料后十日内，对不属于保险责任的，向申请人发出拒绝给付保险金通知书。对确定属于保险责任的与申请人达成有关给付保险金数额的协议，并在协议达成后十日内履行给付保险金责任。

保险公司在收到理赔申请资料之日起六十日内，对属于保险责任而给付保险金的数额不能确定的，根据已有证明和资料，按可以确定的最低数额先予以支付。在最终确定给付保险金的数额后，再给付相应的差额。