集体土地变为国有土地以后，该土地上房屋的所有权人要申请初始登记。按建设部《城市房屋权属登记管理办法》规定：“申请人应当自事实发生之日起30日内向登记机关提交用地证明等有关文件，申请房屋所有权初始登记”。集体土地变为国有土地，房产权属登记机关用以判别其为国有土地的主要依据就是国有土地使用证。因而，一般来说，房屋所有权人应当凭国有土地使用证申请初始登记。

按房地产管理法的规定和各地的实际状况，我国的房地产管理存在两种模式：房、地合一管理和房、地分属两个部门管理。近几年来，房、地合一管理的城市已为数不少，但是还有过半数的城市是房、地分属两个部门管理。对于房、地合一管理的城市来说，当然无法凭国有土地使用证申请初始登记。对房、地分属两个部门管理来说，有时也会存在一定的问题：一些城市由于土地管理部门的管理工作覆盖面相对较为狭窄，房屋所有权人一时还领不到国有土地使用证。这些权利人在进行房屋转让或是抵押时，若没有权属证书就无法办理。如一定要凭国有土地使用证申请，就不方便这些申请人。此时可以凭原集体土地上的房屋所有权证以及土地管理部门出具的国有土地使用权证明等有关文件受理。但是国有土地使用权证明并不等同于国有土地使用证，相对来说较易于伪造，伪造者虽则是极少数人，但登记机关无从判别，因而，在申请人只能提供国有土地使用权证明时，登记机关在调查时以向土地管理部门核实为好。