我国现在施行的“最严耕地保护制度”中是命令禁止任何单位和个人私自在耕地上种树的，但是在现实中，部分地区并没有按照所下发的文件来执行，占用耕地种树的人不在少数。当然，有的是在满足“退耕还林”政策的前提下开始种树的。

因此，在此次确权中，针对种了树的耕地该如何确权的问题，我们还得具体情况具体分析。

1.属于“退耕还林”的情况该怎么确权?

如果是根据当地“退耕还林”政策来的，一般已经下发了《林权证》，并领取了退耕还林补贴的农户是不参与此次农村土地确权的，因为有了《林权证》就意味着这块地已经划分为林地，而不再是耕地性质，当然如果一直没有领到林权证也没有领相关补贴，按照要求是要根据农村承包地确权流程来确权的。

2.私自种树的承包耕地

这种情况在确权时，还是会按照原来的耕地性质进行确权，除非你去申请办理耕地转林地的用地审批手续，并且获得准许，拿到了林权证。

不过通常情况下，在确权为耕地时，上面的树肯定是不能再继续种了的，发包方有权利将你的树无偿挖掉，并对你处以罚款的，但是在“自治”原则下，一般会要求你自己把树移栽掉即可。

但是由于是私自变更耕地用途，是属于违法行为，因此在商机没有对此进行处理之前，是无法确权的，最好是主动请求处理，然后完成确权，拿到确权证。不然错过了这次确权，之后再零散登记的话还是比较麻烦的。