基本医疗保险的登记根据缴纳情况的不同分为两种情况，一种是单位缴纳基本医疗保险，医疗保险登记由单位办理;另一种是个人到存档机构办理医疗保险缴纳，由个人办理医疗保险登记，按月或者办理机构规定、约定的方式缴纳费用。

这两种方式的具体办理程序及所需要的资料各地可能有不同的规定，具体可咨询当地的医疗保险经办机构。以辽宁地区为例，办理基本医疗保险登记的手续大致是这样的：

(1)凡参加医疗保险的用人单位，需到区县社会保险基金管理中心办理基本医疗保险登记手续。用人单位须按规定填写《社会保险登记表》和《社会保险补充登记表》，并录入由社会保险经办机构发放的“信息采集软件”。在办理参保手续时，将单位基本信息导入软盘连同纸介一并上报参保地社会保险经办机构，由区县社保中心为其建立单位基本信息库。

(2)个人基本信息采集。初次参保人员需填写《参加社会保险人员情况登记表》，用人单位对参保人员填写的《参加社会保险人员情况登记表》内容审核后，将其准确无误录用“信息采集软件”，打印“信息采集软件”交参保人员或委托人签字确认。

用人单位在办理参保手续时，将个人基本信息导入软盘连同个人签字的纸介一并上报参保地社会保险经办机构，由区县社保中心为其建立单位基本信息库。

(3)缴费工资基数核定。每一季度，参保单位应根据本单位职工上一年月平均工资如实申报缴费工资基数，并将基数核定信息导入软盘并打印《基本医疗保险缴费工资基数核定表》，同时携带《社会保险登记证》、《劳动情况表》到区县社保中心办理缴费工资基数核定手续。

(4)基金收缴。每月1日，区县社保中心根据医保信息库中的人数，生成用人单位当月实际应缴纳的基本医疗保险缴费数额。从每月2日起，区县社保中心委托银行代为扣缴，用人单位也可以用支票和现金缴纳。

(5)个人账户。区县社保中心在用人单位缴费的基本医疗保险费足额收缴到账后，于当月20日通过医保系统进行个人账户分配。

常住本市的医保人员，由区县社保中心于每月20日以后将应分配的个人账户金额划入个人医保专用存折;异地安置退休人员和长期驻外人员可选择通过邮寄或邮政储蓄的方式，由区县社保中心将个人账户金额每隔3个月，邮寄至本人居住地或存入本人的邮政储蓄卡。