中小股东可以通过以下措施和制度保护自己的权利：

(1)可以查阅公司会计账簿。

(2)可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。当股东会、董事会的召集程序，表决方式违反法律、行政法规规定或者公司章程，或者决议内容违反公司章程时，股东可以自作出决议之日起60日内请求人民法院予以撤销。

(3)可以要求退股。公司连续5年盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，但不向股东分配利润的，对股东大会该项决议投反对票的股东可以要求公司以合理价格收购其股权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼

(4)特殊情况下股东可以申请法院解散公司。

(5)可以提起直接诉讼。

(6)可以提起股东代表诉讼。当公司董事、经理等高级管理人员或者公司以外的他人侵犯了公司权益，给公司造成了损失而公司不予追究时，股东可以以自己的名义依法向人民法院提起诉讼，以维护公司和自身的权益。

一、侵害股东权益时股东如何起诉

侵害股东权益时股东可以按照以下规定起诉：

《中华人民共和国公司法》第一百五十二条规定，董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。

第二十二条第一、二款规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。

股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。