根据我国相关的政策，没有规定二套房46万缴纳多少税，但是可以根据以下几点来判断：1、如果房屋的面积在九十平米以下，则收取的契税为百分之一；2、如果房屋的面积在九十平米以上，但是在一百四十平米以下，则收取契税百分之一点五。《关于调整房地产交易环节契税、营业税优惠政策的通知》：对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女，下同），面积为90平方米及以下的，减按1％的税率征收契税；面积为90平方米以上的，减按1．5的税率征收契税。

购房新政二套房首付提高至4成

新政中同时明确提出，要严格执行住房限购地区信贷政策，购买二套房商业性个人住房贷款首付款比例不低于40％。

此前，在6月21日，成都市人民政府通过政府门户网站发布《成都市人民政府关于推进供给侧结构性改革促进成都市房地产市场健康发展的意见》的通知中提到的关于商业性个人住房贷款首付比例的规定为：

居民家庭首次购买五城区和成都高新区普通住房的商业性个人住房贷款，最低首付款比例为25％，购买其他区（市）县的普通住房可向下浮动5个百分点；对拥有1套住房且相应购房贷款未结清的居民家庭，为改善居住条件再次申请商业性个人住房贷款购买五城区和成都高新区的普通住房，最低首付款比例调整为35％，购买其他区（市）县的普通住房可向下浮动5个百分点。

《关于调整房地产交易环节契税、营业税优惠政策的通知》

1、对个人购买家庭唯一住房（家庭成员范围包括购房人、配偶以及未成年子女，下同），面积为９０平方米及以下的，减按１％的税率征收契税；面积为９０平方米以上的，减按1．5％的税率征收契税；

2、对个人购买家庭第二套改善性住房，面积为９０平方米及以下的，减按１％的税率征收契税；面积为９０平方米以上的，减按２％的税率征收契税。