不予起诉和免予起诉的区别在于：

(1)不起诉是在犯罪嫌疑人没有构成犯罪或者虽然构成犯罪，但依照法律规定不应追究刑事责任的情况下，才可以使用;免予起诉是被告人的行为已经构成犯罪，在应负刑事责任的前提下，只是由于刑法规定不需要判处刑罚或可以免除刑罚的情况下才可以使用。

(2)不起诉是有明确的法律规定的，只要存在法律上规定的不追究刑事责任的情形之一时，人民检察院就应作出不起诉的决定;免予起诉的适用，需由人民检察院根据案件的具体情况，斟酌法律上的规定作出具体决定。

民事纠纷如果人民检察院做出了不予起诉的决定的，如果公安机关认为法院做出的不予起诉的决定有异议的，可以向人民检察院提出复议的申请的。如果人民检察院经过审理依然做出不起诉的决定的，公安机关是可以进一步可以向上一级人民检察院再次提出申请进行复核的。