申请破产后公司债务在清算程序中清偿，因为根据《中华人民共和国公司法》第一百八十七条的规定，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。在发现公司的财产不足以清偿全部债务的事后申请法院宣告破产。在这个清算程序中，所有的债务均按比例清偿，不得拿回全部债款金额。

企业破产后医保怎么办

1、破产兼并企业离退休人员基本养老金和基本医疗费，分别由养老保险经办机构和医疗保险经办机构负责支付。基本养老金实行社会化发放，离退休人员由社区管理机构管理。

2、企业破产时，应优先清缴所欠的社会保险费。社会保险费（含利息）不得减免，破产前欠缴的养老保险费、失业保险费滞纳金可予免除。基本养老保险统筹项目内的基金和医疗保险基金，以企业在职职工上年工资总额为基数，分别按照破产当年单位和职工个人缴费比例之和计算五年，从企业资产变现收入中提取，一次性拨付给社会保险经办机构，用于发放离退休人员的基本养老金和享受基本医疗待遇。

3、基本养老保险统筹项目外的养老保险费用，不得纳入基本养老保险。为使已离退休人员原待遇水平不降低，目前仍由企业支付的统筹外养老保险费用，可从企业资产变现收入中提取，由企业一次性支付。

4、随同破产但未参加养老保险统筹的所属集体企业及家属工，不再纳入养老保险统筹范围，其退休人员按规定享受企业所在地城市居民最低生活保障待遇。

5、企业破产时，原由企业负责发放的因工和非因工死亡职工供养直系亲属定期抚恤金、生活困难补助费，按照现支付标准核定十年，从企业资产变现收入中提取，一次性支付给死亡职工供养直系亲属本人。

《中华人民共和国公司法》第一百八十七条，清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。