1、根据《税收征收管理法实施细则》第三十二条规定，纳税人享受减税、免税待遇的，在减税、免税期间应当按照规定办理纳税申报。

因此，该农村合作社应按照规定期限办理增值税纳税申报。

2、根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》(国家税务总局令第22号)第三条规定，增值税纳税人，年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的，除本办法第五条规定外，应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。本办法所称年应税销售额，是指纳税人在连续不超过12个月的经营期内累计应征增值税销售额，包括免税销售额。

第五条规定，下列纳税人不办理一般纳税人资格认定：

(一)个体工商户以外的其他个人;

(二)选择按照小规模纳税人纳税的非企业性单位;

(三)选择按照小规模纳税人纳税的不经常发生应税行为的企业。

因此，该农村合作社年应税销售额(包括免税销售额)超过小规模纳税人标准的，应向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。