员工侵占公司财产罪立案标准是5000元以上。员工侵占公司财产的涉嫌职务侵占罪，我国并没有员工侵占公司财产罪侵占行为是否构成犯罪和数额多少有直接的关系，5000元至1万元以上会被以职务侵占罪定罪量刑。原则是上，公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在5000元至1万元以上的应予追诉。这里的数额，应当以累计金额计算。侵占1万元以上的的，处5年以下有期徒刑或者拘役：数额10万元以上的，处5年以上有期徒刑，可以并处没收财产。

《最高人民检察院、公安部关于经济犯罪案件追诉标准的规定》第七十五条

公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在五千元至一万元以上的，应予追诉。