建设工程施工合同中的“黑白合同”如何处理，当事人就同一建设工程单独签订的建设工程施工合同与已登记的中标合同实质内容不一致的，已登记的中标合同作为结算工程价款的依据。所谓“黑白合同”不是具体的合同，而是指合同当事人为某种利益而签订的两份合同，价格明显不同或者履行方式不同，其中一份已经登记备案，另一种合同仅由双方持有，其中登记备案的合同称为“黑白合同”，是“白色合同”，只有双方持有的合同称为“黑色合同”。

建设工程“黑白合同”主要有两种情况：一是建设单位在工程招标前与投标人进行实质性谈判，要求投标人承诺中标后按招标文件签订的合同不实际履行，按招标前约定的条件签订的合同不实际履行，以降低工程款或让建设单位提前履行合同，二是建设单位直接与建设单位签订建设工程合同后，建设单位与有关单位串通，配合招标单位进行正式招标，签订双方明显不实际履行的合同，或者干脆连投标表格都没有，直接编造投标文件和与投标文件一致的合同备案登记，不实际履行也可以。从外观上看，建筑工程的“黑白合同”总是体现为政府有关部门已登记的合同，而未登记的合同。

在招投标工程价款结算纠纷中，一方主张按“黑合同”结算，另一方主张按“白合同”结算。在这方面，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷适用法律若干问题的解释》第二十一条明确规定，当事人就同一建设工程单独订立的施工合同，其实质性内容与本法规定不一致的已登记的中标合同、已登记的中标合同作为结算工程价款的依据。