1、新旧差价性补偿

对于淹没的一栋民房、一座工厂厂房、一条公路、一座水电站等，无论其已经使用了多少年，也就是无论其新旧程度如何，在原规模、原标准的前提下，都是按一座新的建筑物进行补偿的。一座被掩没没的旧建筑物现在(实物调查时)的价值属于赔偿部分；该座旧建筑物与同样规模、同样标准的新建筑之间差价，属于补偿的部分。例如，一栋砖混结构的居民住房，按1993年5月末价格水平(三峡枢纽工程和水库移民均采用这一价格水平)的补偿标准是每平方米185元，假如这栋房屋已经住了10年，按50年折旧现值为每平方米148元，这部分应当是赔偿；而185元与148元之间的差价，即每平方米37元应当是补助的。这样补偿的目的是为了能够让移民在新搬迁的地方按照原标准(砖混结构)、原规模(原面积)，盖起一栋新的住房。还应说明的是，对于公路(含桥梁)、输变电线路、通讯线路、港口码头等专项设施，不但要按原规模、原标准进行补偿，还要使其能够恢复原功能。比如：水库淹没了10公里山区重丘4级公路，而要恢复原功能，必须要新建12公里才行，那就按新建12公里山区重丘4级公路进行补偿。

2、适当发展性补偿

这类补偿主要体现在对受淹城市、县城和集镇在搬迁后的新城镇的占地规模上，还体现在对新城镇用水、用电容量及设施的补偿上。凡是到过三峡库区的人们都知道，三峡库区受淹旧城镇的共同特点是，道路狭窄，房屋拥挤，人口密度大，发展余地小，人均占地一般只有25～30平方米，国家为了彻底改变三峡库区城镇的落后面貌，给予了适当的发展性补偿，即不论一座城镇原有的占地规模有多大，均在考虑了城镇人口的增长因素之后，按建设部规定的人均占地标准补偿占地规模。