1、坚持以事实为依据，以法律为准绳的原则。强调深入调查和科学鉴定，弄清真相，查明原因，分清责任的间接原因与直接原因，分清责任的主次，认定问题的性质，按照规定进行处理。

2、坚持维护医患双方权益的公正原则，站在公正的立场上，不庇护一方或损害一方。

3、坚持国家利益和个人利益一致的原则，不能为了医院的利益，遮掩庇护责任者，又不能为了息事宁人草率结案，“用钱买太平”。

4、坚持“三不放过”的原则，即问题不查清不放过，当事人未接受教训不放过，改进措施未落实不放过。

5、坚持以行政调解、行政处理为主的原则。适当使用经济处罚，谨慎把握追究刑事责任的尺度。既要达到安抚、补偿和平衡病人及家属心理的目的，又要有利于医务人员吸取教训，调动积极性，密切医患关系，促进医学科学的发展。

行政处罚一般是由直接责任者作出书面检查，吸取教训。情节严重的，酌情给予行政处分。

经济补偿是一次性的。补偿标准参照省、自治区、直辖市人民政府的规定，补偿费由医疗单位支付。不属于医疗事故的纠纷，一般不给予经济补偿。因医疗事故致残的病人不需要继续住院治疗的，产妇死亡留有活婴的，都由家属接出院，无家属的由病人所在单位接出院，不能继续住在医院。

刑事责任处罚只能在特殊情况下使用。

病人在医院死亡的，尸体在太平间存放的时间一般不得超过1周。个别家属陈尸不理，陈尸闹事，是不应该的。如逾期不处理尸体，经当地卫生部门批准，并报公安部门备案后，医院有权送火化处理，骨灰通知家属领回。

国务院的处理办法特别强调，要保护医疗单位的财产和工作秩序，保护医务工作者的人身安全和工作权利，不得借口发生医疗事故寻畔滋事，扰乱医疗工作正常秩序，违者由公安部门依照《中华人民共和国治安管理处罚条例》有关规定给以处罚；对情节严重构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。