合同保证金在双方基本履行合同内容后退还。如果有具体的退款情况和退款时间，则以约定为准。如果商业合同的保证金现在主要用于特许经营、承包工程等商业活动。在签订商业合同时，如果合同条款中提到合同保证金，合同中的合同保证金属于协议，受法律保护，在履行合同时应按照双方有效合同的协议处理。

违约合同保证金的处理

1．惩罚性违约金：其作用全在惩罚，如果对方因违约而遭受财产损失，则违约一方除支付违约金外，还应另行赔偿对方的损失。

2．补偿性违约金：是对合同一方当事人因他方违约可能遭受的财产损失的一种预先估计，给付了违约金，即免除了违约一方赔偿对方所遭受的财产损失的责任；即使损失大于违约金，亦不再补偿。

《中华人民共和国民法典》第五百八十七条债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。