起诉政府的职能部门是在政府部门所在地基层人民法院。

如果是起诉县级政府，则要去县级政府所在的地级市的中级人民法院。

基层人民法院管辖第一审行政案件。

中级人民法院管辖下列第一审行政案件：

（一）对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件；

（二）海关处理的案件；

（三）本辖区内重大、复杂的案件；

（四）其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。

《行政诉讼法》第十四条

基层人民法院管辖第一审行政案件《行政诉讼法》第十五条

中级人民法院管辖下列第一审行政案件：

（一）对国务院部门或者县级以上地方人民政府所作的行政行为提起诉讼的案件；

（二）海关处理的案件；

（三）本辖区内重大、复杂的案件；

（四）其他法律规定由中级人民法院管辖的案件。