发包人已组织验收并在相关文件上签字确认验收合格，后又以工程质量存在瑕疵为由，拒绝支付或要求延期支付工程价款的，该主张不能成立。但确因承包人施工导致地基基础工程、工程主体结构质量不合格的，发包人仍可以拒绝支付或要求延期支付工程价款。

一、无效建筑工程合同怎么处理

1、合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

2、承包人超越资质等级许可签订建设工程施工合同，在工程竣工前取得相应资质等级的，合同不应按无效处理。

3、合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但修复后的工程经竣工验收合格的，参照合同约定支付工程价款，但发包人有权要求承包人承担修复费用。

4、在审理挂靠纠纷时，对被挂靠单位与发包人签订的施工合同的效力，未经当事人申请并举证，法院一般不主动审查。

5、参照合同约定支付工程价款，是处理合同无效，工程经竣工验收合格时，双方支付工程价款的一项基本原则。但在实务中，如未完工程，或者工程大规模改变设计等，按照合同约定已无法计算工程款，则不排除根据案件的具体情况委托评估的办法来认定工程款的数额。

二、工程未验收擅自使用的后果是什么

工程未验收擅自使用的后果：发包人擅自使用未经竣工验收工程，视为其认可工程质量合格或同意对工程发生的质量问题自担责任，放弃了对工程质量缺陷提出抗辩的权利，再以其使用部分工程质量不符合约定为由主张权利的，不应得到支持。

三、建筑合同无效法律后果

建筑合同无效产生的法律后果有：

1、工程竣工验收合格的，承包人可以要求参照无效合同的约定支付工程价款；但经修复而验收合格的，修复费用应当由承包人承担。

2、未能竣工验收合格的工程，可不予支付工程款。

3、发包人有过错的也应当承担相应的民事责任。

4、人民法院可收缴当事人已经取得的非法所得。

5、合同无效，工程经竣工验收合格或交付使用，但合同价款约定不明的，应当按工程定额、工程量对工程造价进行鉴定，以鉴定结果确定工程价款。

6、合同无效，发包人与承包人达成的结算协议有效。