高新技术企业的认定程序有五个环节，包括自评、登记、材料准备和提交、组织评审和认定、公示和颁发证书。申请人应完成前三项，其中材料准备是最重要的。《工作指南》第二（3）项列出了需要提交的材料类型，包括认可申请、两份保证报告（近三个会计年度研发费用保证报告、，最近三个会计年度的财务报表，包括资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表（实际使用年限不足三年的，以实际经营使用年限为准），审计报告（最近一个会计年度高科技产品（服务）收入专项审计报告）和技术创新活动的支持材料，《高新技术企业认定申请表》由企业基本情况表、企业研究开发项目表、上年度高新技术产品（服务）表、企业基本情况表五种形式组成，近三年取得的自主知识产权汇总表和企业年度研发成本结构明细表，填写时应注意所有财务数据均来自专项审计报告，应与鉴证报告和审计报告完全一致。企业基本信息表中“近三年取得自主知识产权数量”一栏填写的内容应与“人力资源”一栏中“技术创新活动支持材料”相对应并完全一致，注意两个比例要求，即大专以上科技人员占当年职工总数的30%以上，研发人员占职工总数的10%以上；其他文字说明的内容多以数据描述，较少华丽的文字和句子，并注重简洁和全面

在高新技术企业认定申请中，研发费用的归集和核算是一项基础性和重要的工作。这不仅关系到确认申请能否通过，还关系到企业所得税计算中技术开发费用的增减，对企业利益影响很大。提醒企业注意以下几个方面：

1：企业可以考虑在“管理费用”子分类下设立“R&D费用”分类帐，并根据每个“R&D项目”核算“内部R&D投资”和“委托外部R&D投资”。以这种方式产生的所有研发费用都反映在一个账户中，准备确认材料申请时所做的工作作为日常事务。它不仅便于注册会计师在申请确认时进行审计和验证，而且便于在计算应纳税所得额时增加和扣除技术开发费。也便于主管税务机关进行审计。在填写企业年度研发成本结构明细表时，您只需复制注册会计师的审计报告

提示2：企业应设立专门的科研人员名册，以便在申请认可时核实科研人员的比例要求；另一方面，便于成本归集中的相互通信。企业应当与科研人员签订劳动合同，缴纳社会保险。强调企业科技人员的工作时间不少于半年（183天）。支付科研人员人工成本时，可考虑集中制表，并与劳动合同一致

提示3：设备折旧和研发后无形资产摊销可直接计算。企业可根据批准的研发立项报告，将“固定资产”和“无形资产”的管理部门调整给研发机构，为了正确计算折旧和摊销金额，提示4：设计（规划）成本和设备调试成本应有法律依据。这些费用往往发生在企业内部，没有许多外部原始凭证，事后难以收集和核实，如设备调试数量、每次用电量、相关技术工人的劳动力等。因此，企业应按照内部会计的要求做好原始记录和凭证，及时办理审批手续，逐月结算

提示5：委托外部研发费用时，关注项目成果和与企业主营业务的密切关系，是衡量外部研发费用能否计入的重要因素。签订委托合同时，应特别注明。此外，所有发生的外部研发费用在申请确认时只能按80%计算，虽然《认定办法》明确规定高新技术企业的认定不需经过主管税务机关，但在计算加计和减计时没有此类限制，企业仍应注意与主管税务机关的沟通，及时了解和掌握当地有关认定的具体规定。企业取得高新技术企业资格后，应当及时将证书通知主管税务机关，不得在申报企业所得税时将证书取出。免税、减税条件发生变化的，应当在15日内报告；如果您不符合条件，请主动纳税以避免被追缴，承担滞纳金并留下不良记录