分公司不进行纳税由总公司汇总纳税“子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任;分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”企业设立分支机构，使其不具有法人资格，且不实行独立核算，则可由总公司汇总缴纳企业所得税。这样可以实现总公司调节盈亏，合理减轻企业所得税的负担。当然，在设置分支机构时有三个因素应当综合考虑：

首先是分支机构的盈亏情况，当总公司盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时，应当选择总分公司模式。根据税法规定，分公司是非独立纳税人，其亏损可以由总公司的利润弥补;如果设立子公司，子公司是独立纳税人，其亏损只能由以后年度实现的利润弥补，且总公司不能弥补子公司的亏损，也不得冲减对子公司投资的投资成本。

当总机构亏损，新设置的分支机构可能盈利时，应当选择母子公司模式;子公司不需要承担母公司的亏损，可以自我积累资金求得发展，总公司可以把其效益好的资产转移给子公司，把不良资产处理掉。

其次是享受税收优惠的情况，按照税法规定，当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分公司所在地有税收优惠政策，则当分公司开始盈利后，可以变更注册分公司为子公司，享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。

再次是分支机构的利润分配形式及风险责任问题，分支机构由于不具有独立法人资格，所以不利于进行独立的利润分配。同时，分支机构如果有风险及相关法律责任，可能会牵连到总公司，而子公司则没有这种担忧。