医疗机构执业许可证停二十年办理的程序是向县卫生局提交《医疗机构执业许可证》申请报告，并提供医疗机构用房产权证明或者使用证明等相关的资料。若是审核通过的，则发放许可证。

一、医疗机构执业许可证在有效期内未进行校验，如何处理？

医疗机构执业许可证在有效期内，没有进行校验，责令其限期20日补办校验手续，逾期不补办的，则注销其《医疗机构执业许可证》。

法律依据：

1、《医疗机构校验管理办法（试行）》

第六条规定：达到校验期的医疗机构应当申请校验。医疗机构的校验期为：

（1）床位在100张以上的综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医医院以及专科医院、疗养院、康复医院、妇幼保健院、急救中心、临床检验中心和专科疾病防治机构校验期为3年；

（2）其他医疗机构校验期为1年；

（3）中外合资合作医疗机构校验期为1年；

（4）暂缓校验后再次校验合格医疗机构的校验期为1年。

第十条规定：医疗机构不按规定申请校验的，登记机关应当责令其在20日内补办申请校验手续；在限期内仍不申请补办校验手续的，登记机关注销其《医疗机构执业许可证》。

二、医学鉴定后的程序

1、双方当事人协商解决争议，需进行医疗事故技术鉴定的，应共同书面委托医学会的医疗事故技术鉴定工作办公室组织进行医疗事故技术鉴定。

（1）医、患双方当事人或代理人分别填写鉴定委托书并签字。

（2）医方代理人应出示本人身份证、医疗机构执业许可证、医疗机构法人代表身份证和法人代表授权委托书的原件供查验，并同时向医疗事故技术鉴定工作办公室提供经法人代表签字的代理人身份证、医疗机构执业许可证、医疗机构法人代表身份证的复印件和法人代表授权委托书的原件供存档。

（3）患方和／或其代理人应向医疗事故技术鉴定工作办公室出示患者的身份证或其户口所在地派出所出具的身份证明书、委托代理人身份证及授权委托书的原件、或法定代理人身份证及户口所在地派出所出具的其法定代理人身份证明书以供查验，并同时向医疗事故技术鉴定工作办公室提供患者身份证、授权委托代理人、法定代理人身份证复印件和相关证明书的原件以供存档。

2、卫生行政部门对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当书面移交负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

3、司法机关委托的医疗事故技术鉴定由司法机关直接移交。