对于农村房屋所有权的纷争，法院应当秉持法律精神与合理原则，审慎公正地做出裁决。在处理过程中，应事先征询相关房屋管理机构的专业意见，以期获得更为准确和客观的判断。若经房屋管理部门确认并批准双方拥有共有房屋所有权，则可依据此事实，判定双方各自所占有的房屋所有权比例；反之，若房屋管理部门未能批准双方共同拥有房屋所有权，则可在明确划分房屋各自份额之后，将房屋所有权判给具有宅基地使用权的一方当事人。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。